Si ce sont des médicaments, les producteurs ont du fournir un dossier démontrant que le principe actif passait bien du produit vers l'hypoderme. Donc aucun souci à se faire à ce niveau ...
Tout est une histoire de coefficient de partage : le principe actif est concentré dans le produit dermatologique, et va se retrouver très dilué dans l'organisme; de plus, si il est plus soluble dans la peau que dans le produit, sa vitesse de passage sera d'autant plus rapide. C'est donc plus je pense une question de cinétique (de vitesse de passage) que de quantité totale absorbée.
Pour la progestérone, il existe aussi des capsules molles (huile végétale, lecithine, progestérone) par voie orale et voie vaginale. Ce sont d'ailleurs généralement les mêmes, présentées ou non dans des emballages différents selon les marques et les pays.
En Belgique, je pense que les centres de PMA préfèrent la voie vaginale qui semble mieux fonctionner (sur bases scientifiques, certainement) malgré les cochonneries que ça fait lors des examens gynéco ... Mais il y a certainement peu de différences ...